يتولى مركز البحث في الاقتصاد المطبّق من أجل التنمية مهمة إنجاز برامج البحث العلمي والتطور التكنولوجي المنصوص عليها في مرسوم إنشائه إذ يترأسه المدير ويتولى إدارته مجلس إدارة، كما أنه يتشكل من مجلس علمي وأربعة أقسام بحثية وثلاثة أقسام تقنية وثلاث خدمات إدارية.
يصنف المدير على أنه صاحب أعلى سلطة في هرم الإدارة العليا، وتتمثل مهمته في إدارة وتنظيم وكذا الإشراف على كافة النشاطات في المركز عن طريق متابعتها بشكل دائم ومستمر، فهو المسؤول عن حسن سير الإدارة بشكل عام.
في حين يختص مجلس الإدارة في كل المسائل المتعلقة بالسير العام للمركز، لاسيما فيما يتعلق بالبرامج البحثية المعهودة إليه بالتشاور مع المجلس العلمي والإدارة المالية للسنة الماضية وبيانات الدّخل والنفقات المتوقعة وتقريري النشاط السنوي. علاوة على ذلك، يتداول مجلس الإدارة حول الحساب المالي للمؤسسة ويفحص حسابات كل من الفروع التابعة لها إضافة إلى الوضع الموحد للمؤسسة والهياكل المرتبطة بها.
يضم مجلس الإدارة كل من ممثلي الوزارات وفرق البحث العاملة في مختلف المجالات الأساسية للاقتصاد و يعين أعضاءه بموجب قرار من الوزير المكلف بالبحث العلمي لمدة أربع (04) سنوات قابلة للتجديد.
أما المجلس العلمي فهو جهاز استشاري للمركز يقدم آراء وتوصيات بشأن كافة مناحي البحث العلمي الخاصة بالمركز، كما أنه يضمن التقييم الدوري للبحث واتخاذ القرارات بشأن تنظيم وإجراء الأنشطة العلمية والتكنولوجية للمركز لا سيما: برامج ومشاريع البحث لعرضها على مجلس الإدارة وتنظيم أشغال البحث وإنشاء وحل فرق وأقسام البحث، مخابر البحث المشتركة ووحدات البحث من نفس القطاع أو من قطاعات مشتركة، المحطات التجريبية، الورشات والمصالح المشتركة، توظيف الباحثين وأخيرا برمجة التظاهرات العلمية المنظمة من طرف المركز.
يعين أعضاء المجلس العلمي بموجب قرار من الوزير المكلف بالبحث العلمي لمدة أربع (04) سنوات قابلة للتجديد، وهو يتكون، زيادة على مدير المؤسسة ومديري وحدات البحث، من إثني عشر (12) إلى ثمانية عشر (18) عضوا.
يعد مدير المؤسسة كما سبق ذكره، عنصرا مهما في تنظيم المؤسسة وحسن سيرها ويساعده في ذلك كل من نائب المدير والأمين العام.
يرتبط دور نائب المدير ارتباطا وثيقا بالمدير، فهو ينوب عنه أثناء غيابه، وهو بذلك يتولى النيابة الكاملة عن المدير حيث يقوم بتسيير إجمالي العمليات والمهام الإدارية بهدف تحقيق الأهداف الإستراتيجية والرئيسية للمؤسسة، كما أنه يساعده في مجال الأنشطة العلمية والتّطور التكنولوجي ويقوم بالتنسيق بين الأقسام التقنية والمتمثلة في: قسم العلاقات الخارجية وتعزيز نتائج البحث؛ وقسم دائرة الإحصاءات الاقتصادية والاجتماعية الاقتصادية و قسم دعم الأنشطة العلمية في الاقتصاد و الاقتصاد الاجتماعي التطبيقي.
أما الأمين العام فيتولى المسؤولية عن الأمانة العامة ويشرف على أنشطتها اليومية ويحرص على تنفيذها إضافة إلى حرصه على تنسيق نشاط الخدمات الإدارية المنظمة في ثلاث مصالح وهي كالآتي: مصلحة المستخدمين والتكوين ومصلحة الميزانية والمحاسبة ومصلحة الوسائل العامة.